Déjà les rats vivent la nuit, donc normal qu'elles fassent plus de bruit à ce moment là.

Dorment-elles ensemble dans la journée?

Quel âge ont-elles? as-tu eu une rate quelques temps après avoir eu la première? Si oui comment as-tu intégré la dernière venue?

Il est possible que Yoshi ait mal quelque part, suite à d'éventuelles frictions avec sa colocataire, ce qui expliquerait les couinements de la nuit.
Essaie de bien la palper, de voir si elle n'a pas mal à un endroit précis, si elle n'a pas de plaie.

Après elle peut aussi couiner dès que tu la touche, car elle a peur.

Voilà quelques pistes, à toi de nous en dire en peu plus sur elles. Ages, caractère de chacune, ordre d'arrivée etc...